Endülüs bölgesinde yaşayan Santiago hem papaz okuluna gitmekte, okuldan kalan zamanlarında ise koyun gütmektedir. Santiago kiliseye tıkılıp papaz olmak yerine dünyayı dolaşmak istemektedir. Babasına bu istediğini söyleyince babası ona üç altın para vererek en iyi şatonun İspanyol şatosu, en iyi kadınların da İspanyol kadınları olduğunu öğrenmesi için dünyayı dolaşmasını öğütler.
Santiago babasının verdiği parayla bir koyun sürüsü satın alır ve sürü nereye giderse o da oraya gider. İlk gecesini bahçesinde firavun inciri olan yıkılmaya yüz tutmuş bir kilisede geçirir. Burada bir rüya görür.
Rüyasında Mısırdaki piramitlerin olduğu yere gideceği ve hazine bulacağını görür. Heyecanlanarak doğruca bir falcıya gider. Falcı kadın Mısırda bir hazine bulacağını ama hazinenin onda birine vermesi gerektiğini söyler.
Santiago bir gün kitap okurken yaşlı bir adam ona okuduğu kitapla alakalı sorular sorar. Santiago yaşlı adamın bilge biri olduğunu düşünür ve rüyasını ona da anlatır. Yaşlı adam vereceği bilgiler karşılığında Santiagonun bulacağı hazinenin onda birini ister. Yaşlı adan Salem kralı olduğunu söyler ve çoban Santiagoyu sarayına davet eder.
Yaşlı adam Santiagoyu bir teste tabi tutar. Eline bir yemek kaşığı verir ve kaşığa sıvı yağ koyarak, bu yağı dökmeden sarayını dolaşmasını ister. Santiago kaşıktaki yağı dökmemeye çalışarak sarayı gezer. Gezmesi bitince yaşlı adam sarayındaki bazı eserleri görüp görmediğini sorar. Santiago kaşıktaki yağı dökmemeye çalıştığı için o sanat eserlerinin farkına varmamıştır.
Yaşlı adam bu sefer kaşıktaki yağa dikkat etmeden sarayı gezmesini söyler. Bu sefer Santiago saraydaki tüm eserleri görmüştür ama kaşıktaki yağ dökülmüştür. Santiago yaşlı adamın ne yapmak istediğini anlar.
Yaşlı adam dünyanın güzelliklerini gör ama sorumluluklarını da unutmamaya çalış demek istemiştir.
Santiago yaşlı adam ve falcının sözlerini düşünerek sürüsünü satıp Mısır’a gitmeye karar verir. İspanya’dan Afrika kıtasına geçer ve bir liman şehri olan Tanca’ya gelir. Burada bir turistlere rehberlik eden bir Arap çocuğu ile karşılaşır. Arap çocuğu Mısır’a gitmek için Büyük Sahra’yı geçmesi gerektiğini, bunun için de bir deve satın alması gerektiğini söyler. Fakat çocuk pazarda Santiago’yu aldatıp parasını alarak kaçar.
Santiago beş parasız kalır. Seyahatine devam etmek için para kazanmak zorundadır, bir billuriyecide işe başlar. Onun müşterilere çay da satalım önerisiyle billuriyeci iyi para kazanır. Burada yeterli parayı kazanınca Mısır’a giden kervana katılır. Kervanla Al Fayoum denilen yere kadar gelir. Kabileler arası savaş olduğu için kervan burada beklemek zorunda kalır.Kabile reisi kervan yolcularını misafir eder.
Bu esnada Mısır’a simyacıyı bulmak için gitmeye çalışan bir İngilizle karşılaşır. Birlikte simyacıyı ararlar. Simyacılar rivayete göre madenleri altına dönüştürebilen kişilerdir ama İngilizin aradığı simyacının ismini hiç kimse bilmemektedir.
Santiago omzunda testi taşıyan Fatima adında bir kıza aşık olur ve hayallerini bırakıp aşık olduğu kızla evlenmeyi düşünür. Kıza hayallerini anlatınca Fatima “buraya geliş amacını gerçekleştirmeden benimle evlenirsen hiç biz zaman mutlu olamayız “der.
Santiago Fatimadan geri döneceğine söz vererek ayrılır ve çölde yaşayan simyacıyı bulur. Simyacıdan evrenin dilini ve işaretlerini öğrenir.
Yoluna devam eden Santiago bir manastıra varır. Simyacı kurşunu altına dönüştürür ve Santiagoya altın verir. Simyacının yardımıyla hazinenin olduğu kumulların olduğu bölgeye varır. Kazmayla kazar ama hazineyi bulamaz.
Kazmaya erkesi gün devam edecektir ama savaşçı mülteciler Santiagoyu yakalar ve cebinde altın olduğunu görünce kazmaya devam etmesini söylerler. Santiago kazsa da hazine bulamaz. Bunun üzerine savaşçılar onu döver, hatta öldürmeye karar verir. Öldürüleceğini anlayan Santiago piramitlerin olduğu yerde hazine gömülü olduğuna dair bir rüya gördüğünü söyler.
Savaşçılardan birisi de kendisinin de benzer bir rüya gördüğünü, rüyasında İspanyada bir yerde bulunan yıkık kilisenin civarında koyun güden bir çobanı bulması gerektiğini, kilisenin bahçesindeki firavun incirinin dibinde hazine olduğunu fakat böyle bir rüya için İspanyaya gidecek kadar aptal olmadığını söyler.
Santiago hazinenin nerede gömülü olduğunu anlar. Onu esir alanlar üzerindeki para ve altını alıp serbest bırakırlar. Memleketine geri dönen Santiago hazineyi bulur ve roman Santiago’nun “ Geliyorum Fatima, geliyorum “sözleriyle sona erer.